L’édifice du musée est lui-même une œuvre exposée dans son site immédiat et environnant et son originalité réside dans la coexistence de deux styles architecturaux différents témoignant chacun de son époque et montrant que suivre son époque n’est pas renier ses origines et que être authentique n’est pas forcement copier le passé.
Les nouveaux locaux qui se sont accolés aux anciens renfermant les espaces du mausolée, s’inscrivent dans le prolongement topographique de l’ancien monument tout en s’en différenciant, participant ainsi à sa mise en évidence. En réalité, il s’agit de l’extension et du réaménagement de l’ancien musée des arts et traditions populaires installé près du mausolée de Sidi Zitouni à Houmet Essoug, monument datant du XVIIIème siècle, en hommage à un home pieux.
L’ancien musée comprenait, dans ses premières collections, les manuscrits, dans la bibliothèque de la Zaouïa, les costumes, dans la salle  dite El Fnâr, les bijoux, dans la salle funéraire, la poterie non émaillée, dans les deux cours de la Zaouïa, La poterie émaillée, dans un espace récemment construit  ouvrant sur la cour au nord de la salle funéraire, les ustensiles de l’art culinaire traditionnel, dans la cuisine de la Zaouïa et les boiseries, dans la salle dite coupole du fantôme.
L’architecture du mausolée manifeste une allure officielle qui distingue les monuments de l’époque husseinite comme l’utilisation des tuiles en céramique verte au dessus de la coupole ou des sculptures en plâtre et des carreaux de faïence qui ornent quelques uns des murs intérieurs ainsi que l’utilisation du bois peint pour agrémenter les plafonds.
Le nouveau bâtiment, avec ses murs épais et ses plans inclinés, se réfère à l’architecture djerbienne traditionnelle tout en affirmant son caractère résolument contemporain. Ce choix a mis en valeur et le nouveau et l’ancien édifice en montrant un franc dialogue des ères dans l’harmonie. On note essentiellement l’absence de toute folklorisation des détails architectoniques habituelle souvent employée au nom de l’intégration.
La nouvelle entité est érigée sur un terrain de 4500 m2 et elle comprend trois ailes : un espace affecté à l’administration et à divers services ; un espace d’orientation, point de départ des visites, avec son hall d’accueil et d’information et des espaces d’exposition permanente et temporaire.
La conception architecturale a été confiée au bureau d’études tunisien Tasmim dérigé par T.Ben Hadid alors que la conception muséographique de cette unité a été confiée à une agence internationale ( ?) qui a réalisé de grands projets de même nature dans plusieurs pays d’Europe. Le résultat a donné un produit harmonieux, cohérent, intégré et reflétant son époque et son pays.